Seeboden
Der Boden des Neusiedler Sees (Seeboden) besteht aus Tonsediment, wie dies sehr oft bei Steppenseen der Fall ist.
Abrasieren der Bodenoberfläche
Durch Wellenbewegungen und Strömungen erfolgt ein stetes Abrasieren der Bodenoberfläche. Durch diese im Wasser schwebenden Partikel entsteht die typische Trübung des Wassers. Es entsteht nahezu kein Algenwachstum, da kein Licht bis auf den Boden kommt, ein erhöhter Salzgehalt des Wassers das Wachstum hemmt und weil das Wasser ständig durchgemischt wird.
Schlamm
Der Grund des Sees besteht aus Schlamm, der in Ufernähe sehr weich, am offenen See relativ hart ist. 90% - 95% des Schlamms stammen vom See selbst (Tonsediment, Biomasse). In Ungarn ist das Schlammvolumen 2-3 Mal so groß wie im österreichischen Teil des Sees. Teilweise finden sich am Grund des Sees auch Schotterablagerungen. Besonders im Bereich der Parndorfer-Platte. Die blau-grüne Färbung des Seewassers entsteht durch den Schlamm, sagt jedoch nichts über die Wasserqualität aus.